این دانشکده به عنوان دومین دانشکده مستقل مهندسی پزشکی کشور در مجموعه وزارت عتف در سال ۱۳۹۶ و براساس مجوز هیأت امنای محترم، آغاز بهکار نموده است. با این وجود اولین دوره از دانشجویان مهندسی پزشکی دانشگاه صنعتی سهند از سال ۱۳۷۶ و در قالب دانشجویان مهندسی برق با گرایش بیو الکتریک، در مقطع کارشناسی دوره تحصیل خود را آغاز نمودهاند. در حقیقت دانشگاه صنعتی سهند در ایجاد رشته مهندسی پزشکی از دانشگاههای پیشتاز در زیر مجموعه وزارت عتف محسوب میگردد. فارغالتحصیلان رشته مهندسی پزشکی دانشگاه صنعتی سهند از سال ۱۳۸۱ وارد بازار کار و فعالیت شدهاند و از همان سال تاکنون در مقاطع مختلف تحصیلی بالغ بر ۸۵۰ نفر فارغ التحصیل داشته است. با توجه به قدمت دانشگاه صنعتی سهند در آموزش دانشجویان مهندسی پزشکی، فارغالتحصیلان این دانشگاه در عرصههای مختلف تحقیقاتی و صنایع وابسته به مهندسی پزشکی به نحوی قابل توجه مؤثر و فعالند. لازم به ذکر است، این دانشکده در حال حاضر در گرایشهای بیوالکتریک و بیومکانیک در کلیه مقاطع تحصیلی فعال است.